Desde 1999 a Engesoftware possui certificação ISO 9001 em processos de gestão da informação. Com processo de certificação, a empresa organiza melhor as ações do seu negócio, com metas e processos de qualidade a serem alcançados e avaliados constantemente.
Em busca da excelência na qualidade de seus serviços, a Engesoftware obteve a Certificação CMMi –Capability Maturity Model Integration, com processos automatizados de controle, utilizando o Gerenciamento de Ciclo de Vida de Aplicativos (ALM), permitindo o controle entre gerência de negócio com engenharia de software, integrando processos como análise de requisitos, modelagem de arquitetura, desenvolvimento de código, gerenciamento de mudanças, gerenciamento de testes e gerenciamento de versões de produtos realizados. Cada um destes processos faz parte de uma etapa de um ciclo de vida de um software, até as fases de controle de faturamento.
Em 2020 a Engesoftware tornou-se uma empresa preparada para a Execução de Programas de governo diretamente financiados pelo Banco Interamericano Desenvolvimento – BID e World Bank Group – WB através da rede de fornecedores Connect Americas. Formou uma equipe capacitada para Elaborar, Executar e Monitorar Projetos do BID e WB, assim como todo e qualquer projeto de TI com recursos oriundos do Fundo Monetário Internacional – FMI, no Brasil e em qualquer país que seja membro de um destes organismos.